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Wlecome to Wang Chao's blog
15. July 2020
ATAC-seq学习资料整理
ATAC-seq学习
学习资料收集
用Y叔的ChIPseeker对peaks进行注释和可视化
用IDR对重复样本peaks的一致性进行了评估,同时得到了merge后的一致性的peaks——sample-idr,接下来就是对peaks的注释。
基因组各种版本对应关系
用IDR软件处理生物学重复的peak
ATAC标准流程encode项目发布
Homer找DNA的motif
ATAC-seq 分析(上)
motif分析——从实战到原理(Homer篇)
2020-04-09重新学习Y叔的ChIPseeker系列
第9篇:差异peaks分析——DiffBind
CHIP-SEQ 芯片分析时,对于来自重复实验的数据,怎样进行MACS peaks calling 分析?
第6篇:重复样本的处理——IDR
学习一遍ChIPseeker的使用
参考基因和注释文件下载地址ENSEMBLE
用MACS2软件call peaks
GEO数据挖掘小尝试:(三)利用clusterProfiler进行富集分析
1.3质控结果解读
参考基因组和注释文件UCSC
最近学习ATAC-seq流程时查找了不少资料,特此总结分享,希望可以帮助到有缘人。数据分析只是手段,不是目的。依托好的实验课题,做出好的研究成果,才是成长的关键。数据分析学习需要浸泡与沉淀,同样有高人指路会更快。# Thanks to Zhang
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