ATAC-seq学习

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学习资料收集

• 用Y叔的ChIPseeker对peaks进行注释和可视化用IDR对重复样本peaks的一致性进行了评估，同时得到了merge后的一致性的peaks——sample-idr，接下来就是对peaks的注释。

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• 基因组各种版本对应关系

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• 用IDR软件处理生物学重复的peak

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• ATAC标准流程encode项目发布

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• Homer找DNA的motif

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• ATAC-seq 分析（上）

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• motif分析——从实战到原理（Homer篇）

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• 2020-04-09重新学习Y叔的ChIPseeker系列

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• 第9篇：差异peaks分析——DiffBind

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• CHIP-SEQ 芯片分析时，对于来自重复实验的数据，怎样进行MACS peaks calling 分析？

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• 第6篇：重复样本的处理——IDR

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• 学习一遍ChIPseeker的使用

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• 参考基因和注释文件下载地址ENSEMBLE

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• 用MACS2软件call peaks

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• GEO数据挖掘小尝试：（三）利用clusterProfiler进行富集分析

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• 1.3质控结果解读

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• 参考基因组和注释文件UCSC

最近学习ATAC-seq流程时查找了不少资料，特此总结分享，希望可以帮助到有缘人。数据分析只是手段，不是目的。依托好的实验课题，做出好的研究成果，才是成长的关键。数据分析学习需要浸泡与沉淀，同样有高人指路会更快。# Thanks to Zhang